#!/bin/bash


# Initialisation des variables pour les options
programme=$(basename $0)
substitut=$(echo $programme | sed 's/./ /g')
version='1.2.5'
modif='25/07/2022'

function usage
{
echo "Usage : $programme -s sid -q requête [ -p (début:fin|[124]week) ] "
echo "        $substitut [ -b [WOS:]base ]* [ -f champs ]* [ -t CH:(A|D) ] "
echo "        $substitut [ -n notices ] [ -j cookie_jar ] [ -i ]"
echo "        $programme -h "
}

function aide
{
cat << EOT

Usage
=====
    $programme -s sid -q requête [ -p (début:fin|[124]week) ] 
    $substitut [ -b [WOS:]base ]* [ -f champs ]* [ -t CH:[AD] ] 
    $substitut [ -n notices ] [ -j cookie_jar ] [ -i ] 
    $programme -h

Options principales
===================
    -h  affiche cette aide
    -p  limite la recherche dans la base de données à la période indiquée 
        sous forme aaaa-mm-jj:aaaa-mm-jj (e.g., “2000-01-01:2020-07-31”) 
        ou sous forme “1week”, “2week” ou “4week” 
    -q  fournit la requête à envoyer (entre simples ou doubles quotes si 
        elle contient des espaces ou des caractères spéciaux) 
    -s  indique le jeton d’authentification “SID” obtenu avec le programme 
        d’authentification à l’API WoS

Autres options
==============
    -b  limite la recherche à une ou plusieurs bases (e.g. “WOS:SCI”). 
        Cette option est répétitive et “WOS:” est facultatif (par défaut, 
        la recherche se fait sur l’ensemble du WoS)
    -f  limite les champs présents dans les notices téléchargées. Cette 
        option est répétitive (par défaut, tous les champs sont présents) 
    -i  ajoute dans la réponse de l’API la liste des identifiants WoS des 
        notices retournées (5 par défaut ou valeur de l’option “-n”)
    -j  indique le nom du fichier qui recevra les cookies (“cookies.txt” 
        paar défaut) 
    -n  indique le nombre de notices, entre 1 et 100, à retourner (5 par 
        défaut)
    -t  trie les résultats sur un champ (nom abrégé à 2 majuscules) de
        façon croissante (A) ou décroissante (D) ou par pertinence (RS) 
        forcément décroissante

EOT

exit 0
}

function nettoie
{
if [[ -f search$$.xml ]]
then
    rm -f search$$.xml
fi
}

# Déclaration explicite des tableaux “bases”, “champs” et “tri”
declare -a bases
declare -a champs
#declare -a tri         # Pour l’instant, on met un seul argument

# Options
while getopts b:f:hij:n:p:q:r:s:t: i
    do
    case $i in
        b) bases+=($OPTARG);;
        f) champs+=($OPTARG);;
        h) aide;;
        i) recid=1;;
        j) cookiejar=$OPTARG;;
        n) nrec=$OPTARG;;
        p) span=$OPTARG;;
        q) query=$OPTARG;;
        s) sid=$OPTARG;;
#       t) tri+=($OPTARG);;
        t) tri=$OPTARG;;
        \?) echo  >&2
            usage >&2
            exit 1;;
    esac
    done

# Vérification des options
if [[ -z $sid || -z $query ]]
then
    echo "Erreur : option(s) manquante(s)" >&2
    echo "" >&2
    usage >&2
    echo ""
    exit 2
fi

if [[ -z $cookiejar ]]
then
    cookiejar='cookies.txt'
fi

if [[ ! $nrec ]] 
then
    nrec=5
else
    if [[ $nrec =~ ^[1-9][0-9]*$ ]] 
    then 
        if [[ $nrec -lt 1 || $nrec -gt 100 ]] 
        then 
            echo "Erreur : l’argument de l’option “-n” doit être un entier entre 1 et 100" >&2
            exit 2
        fi
    else
        echo "Erreur : l’argument de l’option “-n” doit être un entier entre 1 et 100" >&2
        exit 2
    fi
fi 

# Vérification de la présence des programmes 
# “curl” et “xmllint”
for i in curl xmllint
do
    prog=$(which $i 2> /dev/null)
    if [[ -z $prog ]]
    then
        echo "" >&2
        echo "Erreur : programme “$i” introuvable. Vérifier \$PATH." >&2
        echo "" >&2
        exit 2
    fi
done

# Nettoyage en cas d’arrêt prématuré
trap nettoie HUP INT QUIT TERM

# Génération du fichier SOAP
cat << EOT > search$$.xml
<soapenv:Envelope xmlns:soapenv="http://schemas.xmlsoap.org/soap/envelope/" 
   xmlns:woksearch="http://woksearch.v3.wokmws.thomsonreuters.com">
   <soapenv:Header/>
   <soapenv:Body>
      <woksearch:search>
         <queryParameters>
            <databaseId>WOS</databaseId>   
            <userQuery>$query</userQuery>
EOT

# Cas de l’option “-b”
# valeurs possibles : SCI, SSCI, AHCI, ISTP, ISSHP, IC, CCR, BSCI, BHCI et ESCI
if [[ ${#bases[@]} -gt 0 ]]
then
    for i in ${bases[@]}
    do
    if [[ $i =~ ^[A-Z]+:[A-Z]+$ ]]
    then
        coll=${i%:*}
        edit=${i#*:}
    else
        coll='WOS'
        edit=$i
    fi
    echo "            <editions>" >> search$$.xml
    echo "               <collection>$coll</collection>" >> search$$.xml
    echo "               <edition>$edit</edition>" >> search$$.xml
    echo "            </editions>" >> search$$.xml
    done
fi

if [[ -n $span ]]
then
    regex="[0-9]{4}-(0[1-9]|1[0-2])-(0[1-9]|[1-2][0-9]|3[0-1])"
    if [[ $span =~ ^$regex:$regex$ ]]
    then
        begin=${span%:*}
        end=${span#*:}
        # Vérification de la validité de chaque date
        for i in $begin $end
        do
            day=$(date -d $i 2> /dev/null)
            if [[ -z $day ]]
            then
                echo ""
                echo "Erreur : date “$i” invalide" >&2
                nettoie
                exit 4
            fi
        done
        echo "            <timeSpan>" >> search$$.xml
        echo "               <begin>$begin</begin>" >> search$$.xml
        echo "               <end>$end</end>" >> search$$.xml
        echo "            </timeSpan>" >> search$$.xml
    elif [[ $span =~ ^[124]week$ ]]
    then
        echo "            <symbolicTimeSpan>$span</symbolicTimeSpan>" >> search$$.xml
    else
        echo ""
        echo "Erreur : argument incorrect pour l’option “-p”" >&2
        nettoie
        exit 4
    fi
fi

cat << EOT >> search$$.xml
            <queryLanguage>en</queryLanguage>
         </queryParameters>
         <retrieveParameters>
            <firstRecord>1</firstRecord>
            <count>$nrec</count>
EOT

# Cas de l'option “-t”
# Valeurs possibles : AU, CF, CG, CW, CV, LC, LD, PG, PY, RS, SO, TC et VL
# Valeurs possibles : (AU|CF|CG|CW|CV|LC|LD|PG|PY|RS|SO|TC|VL)
if [[ -n $tri ]] 
then
    if [[ ! $tri =~ ^(AU|CF|CG|CW|CV|LC|LD|PG|PY|SO|VL):[AD]$ && ! $tri =~ ^(RS|TC):D$ ]]
    then
        echo "Erreur : argument incorrect pour pour l’option “-t”" >&2
        exit 4
    fi
    nom=${tri%%:*}
    sens=${tri#*:}
    echo "            <sortField>" >> search$$.xml
    echo "              <name>$nom</name>" >> search$$.xml
    echo "              <sort>$sens</sort>" >> search$$.xml
    echo "            </sortField>" >> search$$.xml
fi

# Cas de l’option “-f”
# Valeurs possibles : UID, pub_info, names, full_name, titles, contributor, 
# language, doctypes, conf_title, conf_date, conf_host, conf_locations, sponsors, 
# keywords, keywords_plus, abstract, addresses, organizations, reprint_contact, 
# email_addr, grant, fund_text, refs, address_spec, headings, subjects, identifiers, 
# page, book_chapters et ids
if [[ ${#champs[@]} -gt 0 ]] 
then
    ns='Fields'
    echo "            <viewField>" >> search$$.xml
    echo "              <collectionName>WOS</collectionName>" >> search$$.xml
    for item in ${champs[@]}
    do
        while [[ -n $item ]]
        do
            deb=${item%%,*}
            fin=${item#*,}
        echo "              <fieldName>$deb</fieldName>" >> search$$.xml
        if [[ $deb = $fin ]]
        then
            item=""
        else
            item=$fin
        fi
        done
    done
    echo "            </viewField>" >> search$$.xml
else
    ns='FullRecord'
fi 

if [[ $recid -gt 0 ]] 
then
    echo "            <option>" >> search$$.xml
    echo "               <key>RecordIDs</key>" >> search$$.xml
    echo "               <value>On</value>" >> search$$.xml
    echo "            </option>" >> search$$.xml
fi

cat << EOT >> search$$.xml
            <option>            
               <key>targetNamespace</key>
               <value>http://scientific.thomsonreuters.com/schema/wok5.4/public/$ns</value>
            </option>            
        </retrieveParameters>
      </woksearch:search>
   </soapenv:Body>
</soapenv:Envelope>
EOT

out='WosApiOut.xml'
err='WosApiErr.txt'

curl -X POST -d @search$$.xml -b $cookiejar -c $cookiejar -v 'http://search.webofknowledge.com/esti/wokmws/ws/WokSearch?wsdl' \
     -H "Cookie: SID=$sid" 2> $err | xmllint -format - > $out

qid=$(perl -ne 'print "$1" if m|<queryId>(.+?)</queryId>|;' $out)
if [[ -n $qid ]]
then
    rec=$(perl -ne 'print "$1" if m|<recordsFound>(.+?)</recordsFound>|;' $out)
    max=$(perl -ne 'print "$1" if m|<recordsSearched>(.+?)</recordsSearched>|;' $out)
    echo " "
    echo "Numéro de requête (queryId) : $qid "
    if [[ $rec -gt 1 ]] 
    then
        echo "$rec notices trouvées sur un total de $max notices "
    else
        echo "$rec notice trouvée sur un total de $max notices "
    fi
    echo " "
else
    msg=$(perl -ne 'print "$1" if m|<faultstring>(.+?)</faultstring>|;' $out)
    if [[ -n $msg ]]
    then
        echo " " 
        echo "Erreur : $msg "
        echo " " 
    else
        echo " " 
        echo "Erreur indéterminée. " 
        echo "Voir fichier “$err”. "
        echo " " 
    fi
fi

nettoie


exit 0