Les web services de l'Inist

@schneist schneist authored on 30 Aug 2022
.vscode docs(mapping-tools): Add several routes to documentation 2 years ago
affiliations-tools affiliations-tools@1.1.0 2 years ago
ark-tools fix: wrong path for ezs last release 2 years ago
authors-tools doc: add info.version for all swagger.json 2 years ago
base-line fix: unix permissions 2 years ago
base-line-nodejs feat: add base line nodjs and python 2 years ago
base-line-python feat: add base line nodjs and python 2 years ago
biblio-tools refactor(biblio-tools,mapping-tools): Improve examples.http 2 years ago
bin fix(example-metadata): Use = instead of : 2 years ago
co-deduplicate doc: add info.version for all swagger.json 2 years ago
domains-classifier 003 2 years ago
geo-tagger improve geotagger speed 2 years ago
hal-classifier hal-classifier@4.0.0 2 years ago
kos2vec minor 2 years ago
loterre-resolvers loterre-resolvers@1.2.2 2 years ago
loterre-xslt/ v1 add WS to register all concepts of a collection with ARK identifers 3 years ago
mapping-tools Correction (mapping-tools): correction de la table documentType 2 years ago
nlp-tools bug url 2 years ago
nlp-tools2 doc: add info.version for all swagger.json 2 years ago
orcid-disambiguation update version 2 years ago
terms-extraction docs(terms-extraction): Add instance version in swagger.json 2 years ago
www-home update index with geo tagger 2 years ago
.gitignore chore(affiliations-rnsr): Ignore swagger.json 3 years ago
.npmignore import loterre resolver 3 years ago
.npmrc import loterre resolver 3 years ago
CHANGELOG.md add changelog 3 years ago
Makefile feat(generate-example-metadata): Add a make rule (example-metadata) 2 years ago
README.md docs: Fix Swagger documentation URL 2 years ago
docker-compose.yml feat: add base line nodjs and python 2 years ago
package.json feat(bin): Add generate-example-metadata 2 years ago
README.md

Les web services TDM de l'Inist

Web services en Python

Créer un web service en Python consiste à créer un script Python capable de traiter un fichier JSON fourni via l'entrée standard (sdtin) et de produire un fichier JSON similaire dans la sortie standard (stdout).

Exemple de fichier python

#!/usr/bin/python3
import sys
import json

for line in sys.stdin:
   data = json.loads(line)
   data['value'] = data['value'].upper() # YOUR STATEMENT HERE
   sys.stdout.write(json.dumps(data))
   sys.stdout.write('\n')

Pour transformer un programme Python en web service, il est nécessaire de déclarer un point d’entrée (entrypoint) via la création d’un fichier .ini dans une arborescence spécifique (cf . Convention de nommage).

Ce fichier contiendra la documentation au format OpenAPI, et une référence au fichier python a exécuter.

Exemple de fichier .ini

# OpenAPI Documentation - JSON format (dot notation)
mimeType = application/json

post.responses.default.description = Return all objects with enrich fields
post.responses.default.content.application/json.schema.$ref =  #/components/schemas/JSONStream
post.summary = Enrich one field of each Object with a Python function
post.requestBody.required = true
post.requestBody.content.application/json.schema.$ref = #/components/schemas/JSONStream
post.parameters.0.in = query
post.parameters.0.in = query
post.parameters.0.name = indent
post.parameters.0.schema.type = boolean
post.parameters.0.description = Indent or not the JSON Result

[use]
plugin = @ezs/local
plugin = @ezs/basics
plugin = @ezs/storage
plugin = @ezs/analytics

[JSONParse]
separator = *

[expand]
path = value
size = 100

[expand/exec]
# command should be executable !
# Use absolute path
command = ./v1/strings/uppercase.py

[dump]
indent = env('indent', false)

L'installation de paquet Python spécifique est possible en déclarant les paquets à installer à la racine de son web service dans un ficher requirements.txt.

Exemple de fichier requirements.txt

spacy==2.3.5
pytextrank==2.0.1
pycld3
en-core-web-sm @ https://github.com/explosion/spacy-models/releases/download/en_core_web_sm-2.3.1/en_core_web_sm-2.3.1.tar.gz
fr-core-news-sm @ https://github.com/explosion/spacy-models/releases/download/fr_core_news_sm-2.3.0/fr_core_news_sm-2.3.0.tar.gz

Développer

Il est possible de tester localement (sur son poste) son webservice, dans un environnement identique à celui de production, pour cela :

en Python

make python ./mon_repertoire

en NodeJS

make nodejs ./base-line
# ou
cd base-line && ezs -v -d .

Ensuite, le webservice est accessible à cette adresse http://localhost:31976.

WARNING: Docker modifie le propriétaire des fichiers. Pour restaurer les permissions:

make reset

Tester

Des exemples de requêtes sont disponibles dans des fichers examples.http.
Ceux-ci peuvent être utilisés directement dans VSCode, avec l'extension REST Client (humao.rest-client).
Ils peuvent également être lancés en ligne de commande via rest-cli ou via dot-http.

Exemple 1 : lancement des exemples sans affichage

$ restcli  ./biblio-tools/examples.http
examples:1 [1] POST https://biblio-tools.services.inist.fr/v1/unpaywall/is_oa?indent=true
examples:2 [1] POST https://biblio-tools.services.inist.fr/v1/crossref/prefixes/expand?indent=true

Exemple 2 : lancement des exemples avec affichage

$ restcli --full  ./affiliations-libpostal/examples.http
examples:1 [1] POST https://affiliations-libpostal.services.inist.fr/v1/parse?indent=true
POST https://affiliations-libpostal.services.inist.fr/v1/parse?indent=true
Content-Type: application/json

[
    {
        "value": "Barboncino 781 Franklin Ave, Crown Heights, Brooklyn, NY 11238"
    }
]

HTTP/1.1 200 OK
Access-Control-Allow-Origin: *
Connection: close
Content-Disposition: inline
Content-Encoding: gzip
Content-Type: application/octet-stream
Date: Fri, 23 Jul 2021 09:00:14 GMT
Server: nginx/1.15.10
Transfer-Encoding: chunked

[{
    "value": {
        "id": "Barboncino 781 Franklin Ave, Crown Heights, Brooklyn, NY 11238",
        "value": {
            "house": "barboncino",
            "house_number": "781",
            "road": "franklin ave",
            "suburb": "crown heights",
            "city_district": "brooklyn",
            "state": "ny",
            "postcode": "11238"
        }
    }
}]

Documenter

Documentation OpenAPI

Chaque service, chaque route, doit être documenté en respectant la norme OpenAPI 3.0 (swagger).

La documentation de chaque route doit être placée dans le fichier .ini correspondant à sa route API.

Pour placer la document openapi dans les fichiers .ini, la syntaxe Swagger au format JSON doit être convertie au format "dot notation"

Exemple :

post.responses.default.description = Return a JSON as received JSON.
post.responses.default.content.application/json.schema.$ref = #/components/schemas/anyValue
post.summary = Parse and split JSON and return it.
post.requestBody.required = true
post.requestBody.content.application/json.schema.$ref = #/components/schemas/anyValue

Tags

Si vous souhaitez enrichir la documentation par défaut, en ajoutant des tags, des components, il est possible d'ajouter un fichier standard swagger.json à la racine de votre instance.
Le serveur prendra en compte tout le fichier SAUF ce qui correspond aux informations concernant les routes (qui doivent être placées dans le fichier .ini).

Exemples

Il est très important de mettre des exemples dans la documentation OpenAPI.
Malheureusement, la syntaxe utilisée (notation pointée) pour ce faire dans les .ini est très rébarbative.
Mais on peut utiliser un fichier examples.http placé à la racine d'une instance et la cible make example-metadata pour générer ces exemples: il exécute une requête du fichier examples.http et fournit les lignes en notation pointée pour la requête et la réponse de l'exemple.

Exemple:

$ make example-metadata mapping-tools 0
post.requestBody.content.application/json.example.0.id: 1
post.requestBody.content.application/json.example.0.value: 200919362L
post.requestBody.content.application/json.example.1.id: 2
post.requestBody.content.application/json.example.1.value: 200112440X
post.responses.default.content.application/json.example.0.id: 1
post.responses.default.content.application/json.example.0.value: INEE
post.responses.default.content.application/json.example.1.id: 2
post.responses.default.content.application/json.example.1.value: INS2I

Il suffit ensuite de copier-coller ces lignes en haut du .ini, à la fin des métadonnées. Prenez quand même garde à ne pas mettre plusieurs example.0 (il existe une autre syntaxe pour mettre plusieurs exemples).

Note: pour que ce script fonctionne, il faut que node 14+ soit installé, et que la commande npm install ait été lancée à partir de la racine du dépôt.

Note 2: préférez plusieurs valeurs dans le tableau de l'exemple, pour éviter que le script ne fasse abstraction du tableau (auquel cas il faudrait l'ajouter à la main dans les exemples).

Déclarer la documentation Swagger

Le répertoire www-home contient le HTML de la page de documentation OpenAPI https://openapi.services.inist.fr.

Pour ajouter une instance dans le menu déroulant (en haut à droite), il vous suffit de la déclarer dans www-home/index.html pour qu'elle soit prise en compte.

Convention de nommage

Chaque instance sur l'ezmaster de la machine aura un nom en trois parties:

  1. texte (domaine)
  2. texte (spécialité)
  3. numéro (version)

La troisième partie du champ ne doit pas être communiquée à l'extérieur, c'est un numéro de version (si plusieurs instances ont les mêmes deux premiers champs, c'est la dernière version qui est exposée quand on n'utilise pas de numéro de version, ce qui sera le cas).

Le numéro de version permet la mise à jour de l'image docker associée au webservice.

Nom de l'instance

Les champs textuels sont obligatoirement en minuscules, et sans accent (mais peuvent contenir des chiffres) et donc de préférence en anglais. Ils ne doivent pas contenir un nom de personne.

La première partie décrit le domaine d'application du webservice. Exemple : affiliation, text, classification, nlp, etc.

La seconde partie décrit une spécialité du domaine. Cette spécificité est principalement liée à une image docker différente, comme c'est le cas si les différents web services d'un domaine utilisent des langages différents (C++, python, nodejs, etc.).

Nom des répertoires

Chaque instance donne accès à une arborescence de webservices.
Le nom de route dépend du nom des répertoires.
Les noms des répertoires doivent donc être choisis dans cette optique.

Il convient donc de respecter les pratiques communément admises dans la définition d'API de type REST.
En utilisant des noms de répertoires en minuscules, sans accent (mais pouvant contenir des chiffres) et de préférence en anglais.

Si le premier niveau caractérise obligatoirement la version, les suivants peuvent être adaptés selon le besoin.
On veillera à créer un répertoire si et seulement si il propose plusieurs sous-répertoire ou fichiers.

  1. Version des APIs (v1, v2, v3, etc.)
  2. Nom de l'algorithme ou de la ressource utilisés ou de la langue
  3. Nom de l'action ou de l'algorithme caractérisant le traitement
  4. (...)

Exemples :

  • /v1/test/analyse
  • /v2/istex/expand
  • /v1/en/stemmer/analyse

Fichier d'exemple

Chaque répertoire dédié à une instance contiendra au moins un fichier examples.http.
Ce fichier permet d'exécuter rapidement et simplement des exemples simples d'utilisation des webservices à travers VSCode ou restcli (en ligne de commande).
Le format du fichier est celui précisé dans la documentation vscode https://github.com/Huachao/vscode-restclient#usage.

Voir aussi Tester.

Créer une version

Afin de faciliter le déploiement (et de le limiter à un répertoire), on peut utiliser les helpers du Makefile (make version-major, make version-minor, make version-patch).

Ils se chargent de mettre un tag git sur répertoire et de le pousser sur le dépôt. Leur seul paramètre est le nom du répertoire.

Exemple:

$ make version-major terms-extraction
Décompte des objets: 1, fait.
Écriture des objets: 100% (1/1), 185 bytes | 185.00 KiB/s, fait.
Total 1 (delta 0), reused 0 (delta 0)
remote: Updating references: 100% (1/1)
To ssh://gitbucket.inist.fr:22222/tdm/web-services.git
 * [new tag]         terms-extraction@1.0.0 -> terms-extraction@1.0.0
Nouvelle version créée: terms-extraction@1.0.0
URL à utiliser: https://gitbucket.inist.fr/tdm/web-services/archive/terms-extraction/terms-extraction@1.0.0.zip

L'URL fournie sert à la configuration de l'instance, et permet la mise à jour du programme.